De geschiedenis van Yquem gaat terug tot de 16e eeuw.
Er gaat een hardnekkig verhaal over Yquem rond, dat de ontdekking van de botrytis (de aantasting van de druiven door de schimmel botrytis cinerea) op de druif is ontdekt nadat een boodschapper van de eigenaar – die op dat moment in Rusland verbleef – naar Frankrijk was gestuurd met de mededeling met de oogst te beginnen.De koerier verongelukte onderweg, waardoor het bericht veel later het domein bereikte. Onderwijl werden de druiven door de schimmel aangetast, waardoor het watergehalte in de druif sterk verminderde en het suikergehalte relatief zeer hoog wordt. Men besloot toch om de druiven te vinifieren. Een opmerkelijke zoete wijn was het resultaat. Het begin van de reputatie van Sauternes in het algemeen en Château d’Yquem in het bijzonder aldus het verhaal.

Het verhaal werd door de Lur Saluces resoluut van tafel geveegd. Het ‘echte’verhaal, is dat de familie in 1593 een conflict kreeg met een wijnboer die druiven voor de familie cultiveerde en de druiven tegen de zin van de familie vroeg wilde oogsten. De familie daagde hem voor de rechter en na de gunstige uitspraak van de rechter op 6 november 1593 kon de oogst beginnen. Inmiddels had zich de schimmel op de druiven gevestigd en maakte men een voortreffelijke zoete witte wijn. De werkwijze werd al snel door andere wijnboeren in Sauternes opgenomen en uiteindelijk ook wettelijk vastgelegd.